分子動力学シミュレーションのプログラムAMBERとBarnes＆Hutのtree cod eと
を、分散メモリ型並列計算機SR2201上でMPI通信ライブラリを使って並列化し実
行スピードの評価を行った。まず、AMBERについては、我々が作成した通信関数
を使うことによって台数効果が改善され、AMBERのホームページで公表されてい
る速度に比べて10倍のスピードに加速することが出来た。
  また、Barnes-Hut tree codeの実行速度は、木構造を独自の手法によって並列
化することによって、目覚ましい台数効果（256PUsで206倍）を達成することが
出来た。更に、この並列化Barnes-Hut tree codeを利用することによって、
AMBERの電荷分布に対するクーロン力を、高速に計算できることを実証した。